SnapGene mac版是一款功能非常強大的分子生物學(xué)軟件,它模擬了Clontech的In-Fusion克隆技術(shù),只需選擇您想要融合的DNA片段,即可設(shè)計引物,是創(chuàng)建無縫基因融合的一種非常通用的方法,該軟件還簡化了吉布森裝配反應(yīng)的計劃,并自動化了底漆設(shè)計,通過PCR擴增待連接的DNA片段以產(chǎn)生重疊末端,同時還能夠非常直觀的注釋分析和DNA圖譜,用于創(chuàng)建和共享豐富的注釋文件,幫助我們準確清晰地為分子生物學(xué)繪制相關(guān)圖形。
除此之外,SnapGene軟件還可以方便教師和專門的學(xué)生來分析酶切位點、標簽、啟動子、終止子和復(fù)制子等質(zhì)粒元件,并且還可以將數(shù)據(jù)導(dǎo)出為與設(shè)計用于DNA序列的其他流行軟件解決方案兼容的文件格式,甚至還提供了計劃,可視化和記錄DNA克隆和PCR的最快和最簡單的方法,用戶可以輕松注釋功能并設(shè)計引物,這種分子生物學(xué)工具可以生成詳細的 DNA 序列文件,并與同事共享,有需要的朋友歡迎前來下載。
功能介紹
一、想象
1、DNA可視化
查看DNA序列的多個視圖。
地圖 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 歷史
自定義酶位點,特征,引物,ORF,DNA顏色等的顯示。地圖可以是圓形或線性格式。
2、大序列支持
瀏覽染色體大小序列。
查看 · 搜索 · 縮放
利用SnapGene的高效數(shù)據(jù)處理功能,掃描具有數(shù)千種注釋功能的大型DNA序列。
3、蛋白質(zhì)可視化
查看蛋白質(zhì)序列的多個視圖。
地圖 · 序列 · 屬性 · 特征 · 歷史
自定義區(qū)域,站點,鍵和序列顏色的顯示。
4、直觀的序列編輯
輕松編輯DNA和蛋白質(zhì)序列。
標準編輯 · DNA結(jié)束
進行插入,刪除,替換和大小寫更改。復(fù)制并粘貼序列時,會自動傳輸功能。
5、序列顏色編碼
將選定的DNA或氨基酸序列設(shè)置為十種顏色之一。
給兩條DNA鏈或蛋白質(zhì)序列著色。顏色在Map和Sequence視圖中都可見。
6、特征注釋
自動注釋常用功能,或手動注釋新功能。
自動特征檢測 · 手動特征注釋
使用SnapGene廣泛的數(shù)據(jù)庫查找DNA序列中的常見特征。您選擇的其他功能可以添加到自定義數(shù)據(jù)庫
二、模擬
1、限制性站點指標
確認限制性網(wǎng)站適合克隆。
獨特性 · 甲基化***性 · 特殊性質(zhì)
以粗體顯示獨特的限制性位點,或選擇自動定義的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶組。
2、限制性克隆
可視化克隆過程的所有方面。
如果您已經(jīng)考慮過程,則模擬只需幾秒鐘。如果克隆過程存在設(shè)計缺陷,則可以捕獲并糾正錯誤。
3、PCR
模擬標準PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自動設(shè)計引物。產(chǎn)品文件在其歷史記錄中存儲模板和引物。
4、重疊延伸PCR
通過重疊延伸PCR融合片段。
最多可組裝八個片段。選擇要連接的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計引物。
5、引物定向誘變
使用誘變引物進行定點誘變。
選擇誘變引物,按下按鈕查看修飾的質(zhì)粒。歷史顏色突出了突變。
6、網(wǎng)關(guān)®克隆
模擬網(wǎng)關(guān)® BP克隆或lr克隆,或兩者在同一時間。
為方便起見,提供了常見的供體向量和目的向量。選擇要組裝的片段,SnapGene將設(shè)計引物。
7、吉布森大會®
通過融合多達八個片段或通過將多達八個片段插入向量來模擬Gibson Assembly。Gibson Assembly是一種流行的無縫克隆方法。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產(chǎn)生。
8、IN-FUSION ®克隆
通過在向量中插入最多八個片段來模擬Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一種非常通用的方法,可用于創(chuàng)建無縫基因融合。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設(shè)計引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產(chǎn)生。
9、TA和GC克隆
通過TA或GC克隆捕獲PCR產(chǎn)物。
選擇傳統(tǒng)的TA克隆或高效GC克隆。
為方便起見,提供了常見的TA克隆載體和Lucigen的GC克隆載體。
10、退火Oligos
退火兩個寡核苷酸形成雙鏈產(chǎn)物。
使用簡單的控件添加突出限制克隆。
三、避免錯誤
1、閱讀基因融合的框架
確保構(gòu)造中的已轉(zhuǎn)換要素符合框架。
鏈接翻譯 · 警告信息使用“序列”視圖可以快速查看兩個已翻譯的要素是否在框架中。如果是這樣,翻譯鏈接在同一行。如果不是,則翻譯在單獨的行上。
2、與參考序列對齊
使用強大的對齊工具檢查實際構(gòu)造是否與模擬構(gòu)造匹配。
四、自動錄制
1、全面的“撤銷”能力幾乎撤消任何操作。
不要害怕嘗試使用SnapGene文件 - 回溯您的步驟很容易。
2、歷史和嵌入式祖先
查看構(gòu)造的圖形歷史記錄。
單擊操作以突出顯示親本和產(chǎn)物序列的相關(guān)部分,或單擊PCR引物名稱以查看引物序列。
單擊歷史記錄樹中的祖先以重新生成該祖先序列文件,包括其注釋和克隆歷史記錄。
3、歷史色彩
使用可選的歷史記錄顏色來標識序列的最新更改。
詳細了解構(gòu)建體的組裝方式,包括結(jié)扎的粘性末端。
五、有你的數(shù)據(jù)
1、安全文件管理
將SnapGene文件保存在所需的位置。
使用熟悉的安全操作系統(tǒng)來存儲和整理SnapGene文件。
2、從其他格式導(dǎo)入
閱讀許多常見的文件格式。
不僅可以導(dǎo)入DNA序列,還可以導(dǎo)入注釋和注釋。我們將繼續(xù)開發(fā)進口商,以確保您不會被鎖定為專有文件格式
3、導(dǎo)出為標準格式
將序列,地圖或凝膠圖像轉(zhuǎn)換為標準格式,以便與其他軟件一起使用。
將序列導(dǎo)出為GenBank或FASTA格式。將地圖或模擬瓊脂糖凝膠導(dǎo)出為常見的圖像格式。
4、使用SnapGene Viewer共享數(shù)據(jù)
將SnapGene格式的文件發(fā)送給可以下載免費SnapGene Viewer的同事或客戶。
只需將文件與鏈接一起發(fā)送到SnapGene Viewer即可。收件人將能夠看到地圖,序列和注釋,就像在完整的SnapGene界面中一樣。
六、轉(zhuǎn)換文件格式
開放式信息交換至關(guān)重要,因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了讀取和導(dǎo)出常見文件格式的選項。
軟件特色
1、設(shè)計更好的程序
準確設(shè)計和模擬克隆程序。測試復(fù)雜的項目,在錯誤發(fā)生之前發(fā)現(xiàn)錯誤,并在第一時間獲得正確的構(gòu)造。
2、可視化您的流程
當您可以看到自己在做什么時,克隆會更容易。直觀的界面為您提供無與倫比的工作可見性,簡化通常復(fù)雜的任務(wù)。
3、自動記錄您的工作
軟件自動記錄文檔,因此您不必這樣做。查看并分享導(dǎo)致最終質(zhì)粒的每個序列編輯和克隆程序。
更新日志
v4.3.6版本
4.3版增加了多個新功能,包括重疊群裝配,更靈活的比對工具,支持切口內(nèi)切核酸酶,以及支持點特征。
1、重疊群大會
線性或環(huán)狀重疊群可以從重疊序列或Sanger序列跡線重新組裝。
2、靈活的對齊
現(xiàn)在可以以各種方式導(dǎo)入要對齊的序列??梢蕴崛《鄠€對齊的一部分以生成新的多重對齊,或者可以編輯現(xiàn)有的多個對齊以添加或移除由不同算法生成的對齊。
3、Nicking Enzymes
可以顯示Nicking核酸內(nèi)切酶。當選擇跨越從線性序列的末端到切口核酸內(nèi)切酶位點時,可以通過按Delete刪除該單鏈區(qū)域。
4、點特征
現(xiàn)在,DNA序列支持零長度點功能,并在從GenBank,MacVector或Gene Construction Kit導(dǎo)入文件時識別。
5、酶網(wǎng)站突出顯示
常用的酶位點可以用黃金突出顯示,以便快速識別。
6、協(xié)調(diào)一致性增強
多重比對的共識序列具有改進的格式,現(xiàn)在可以復(fù)制或?qū)С觥?/p>
7、用于與參考序列對齊的存儲編輯
根據(jù)流行的需求,當通過調(diào)整比對序列的端點編輯與參考DNA序列的比對時,保留和恢復(fù)那些編輯。
8、從其他文件格式導(dǎo)入功能
可以將特征導(dǎo)入到BED,GFF3或GTF格式的DNA序列中。
9、從UniProt導(dǎo)入
可以從UniProt數(shù)據(jù)庫導(dǎo)入蛋白質(zhì)序列記錄。
10、進口基因組編譯器項目
現(xiàn)在可以在SnapGene中直接打開Genome Compiler項目文件(.gcproj)。對于施工項目文件,在“歷史記錄”視圖中捕獲施工歷史。
11、引物添加日期
將引物添加到文件時,會記錄日期。引物可按添加日期排序。
12、讀取和寫入對齊文件格式
SnapGene可以導(dǎo)入比對以在SAM / BAM和參考序列矢量NTI® .cep格式,并且可以比對導(dǎo)出到SAM / BAM格式的參考序列。
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