dnaman(序列分析軟件) v10.0

dnaman官方版是由LynnonBiosoft公司開發(fā)的一款序列分析工具，該軟件具有高度集成化的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件，幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質(zhì)序列分析工作，包括多重序列比對(duì)、PCR引物設(shè)計(jì)、限制性酶切分析、蛋白質(zhì)分析、質(zhì)粒繪圖等。該軟件的速度，多功能性，準(zhǔn)確性和高質(zhì)量的表現(xiàn)使其成為每個(gè)分子生物學(xué)家可以依賴的基本工具之一。dnaman 9在許多同行評(píng)審的科學(xué)期刊中被高度引用的序列分析軟件。它也是一個(gè)序列分析軟件，對(duì)于每個(gè)大學(xué)，研究機(jī)構(gòu)，實(shí)驗(yàn)室和研究科學(xué)家來說都是首選。

軟件特色

1、DNA和蛋白質(zhì)序列編輯

2、DNA序列轉(zhuǎn)化

3、多序列比對(duì)，對(duì)齊編輯和分析

4、系統(tǒng)樹分析

5、DNA或蛋白質(zhì)序列的點(diǎn)陣比較

6、DNA序列組裝和編輯

7、BLAST通過網(wǎng)絡(luò)界面在Intranet/Internet Server上進(jìn)行搜索

8、序列和數(shù)據(jù)庫(kù)中的增強(qiáng)型圖案搜索

9、SiRNA選擇器

10、限制分析

11、繪制序列圖與出版品質(zhì)

12、限制模式預(yù)測(cè)

13、電子克隆

14、從限制片段重建限制圖

15、靜音突變分析創(chuàng)建/破壞限制性位點(diǎn)

16、導(dǎo)向不匹配以創(chuàng)建/破壞限制站點(diǎn)

17、翻譯和密碼子使用分析

18、蛋白質(zhì)疏水性/親水性分析

19、蛋白質(zhì)表征：等電點(diǎn)的序列組成和預(yù)測(cè)

20、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

21、反向翻譯

22、PCR和測(cè)序引物的設(shè)計(jì)

23、表征DNA或引物序列的熱力學(xué)性質(zhì)

24、分歧分析

25、管理寡核苷酸，DNA和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)

26、生成隨機(jī)序列

dnaman使用教程

如何用DNAMAN軟件得到反向互補(bǔ)的DNA序列

1、打開在本站下載好的DNAMAN軟件，打開軟件后，點(diǎn)擊軟件頂部的點(diǎn)擊File，在彈出的選擇中選擇new

2、在新建好的對(duì)話框中輸入DNA序列

3、輸入完后，同時(shí)按住鍵盤上Ctrl和A，選中序列，并單擊軟件頂部“seq”圖中以為大家標(biāo)注出來。

4、然后點(diǎn)擊軟件頂部的Sequence選項(xiàng)，在彈出的選項(xiàng)中點(diǎn)擊Display，在二級(jí)菜單中點(diǎn)擊Rev.Compl.Sequence

5、然后就可以得到原序列的反向互補(bǔ)序列。

功能介紹

1、數(shù)據(jù)庫(kù)管理

選擇數(shù)據(jù)庫(kù)|經(jīng)理命令打開數(shù)據(jù)庫(kù)管理器”對(duì)話框。

2、DNA和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)

該軟件的數(shù)據(jù)庫(kù)功能，允許用戶組織DNA和蛋白質(zhì)序列的不同科目。

3、編輯記錄信息

有關(guān)特定記錄的信息可以編輯，在序列列表框中，所有記錄按字母順序或記錄順序列出，每個(gè)記錄名字的數(shù)量顯示記錄的記錄號(hào)ID.用DNAMAN自動(dòng)分配。因此，您可以為不同的記錄使用相同的名稱。

4、掃描序列的相似性

它掃描所有的序列記錄在默認(rèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索當(dāng)前序列的同源序列。如果默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)包含DNA序列，則默認(rèn)序列必須是DNA序列，如果默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)包含蛋白質(zhì)序列，則默認(rèn)序列必須是蛋白質(zhì)序列。DNAMAN將使用快速對(duì)準(zhǔn)方法掃描數(shù)據(jù)庫(kù)的序列相似性，您可以選擇對(duì)結(jié)果的最終輸出使用快速對(duì)齊或最佳對(duì)齊方式。

5、錯(cuò)配分析

錯(cuò)配分析的目的是找到所有可能的退火位點(diǎn)的DNA序列的引物在默認(rèn)，此功能可用于PCR和DNA測(cè)序的引物選擇，權(quán)重矩陣用來區(qū)分引物位置的重要性。由于引物在3’末端對(duì)目標(biāo)DNA的匹配比PCR擴(kuò)增的5末端更重要，所以更多的權(quán)重被賦予3’末端。為了提高PCR引物的特異性，應(yīng)始終檢查引物與靶DNA之間是否存在次級(jí)退火位點(diǎn)。