dnaman官方版是由LynnonBiosoft公司開發(fā)的一款序列分析工具,該軟件具有高度集成化的分子生物學(xué)應(yīng)用軟件,幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質(zhì)序列分析工作,包括多重序列比對(duì)、PCR引物設(shè)計(jì)、限制性酶切分析、蛋白質(zhì)分析、質(zhì)粒繪圖等。該軟件的速度,多功能性,準(zhǔn)確性和高質(zhì)量的表現(xiàn)使其成為每個(gè)分子生物學(xué)家可以依賴的基本工具之一。dnaman 9在許多同行評(píng)審的科學(xué)期刊中被高度引用的序列分析軟件。它也是一個(gè)序列分析軟件,對(duì)于每個(gè)大學(xué),研究機(jī)構(gòu),實(shí)驗(yàn)室和研究科學(xué)家來說都是首選。
軟件特色
1、DNA和蛋白質(zhì)序列編輯
2、DNA序列轉(zhuǎn)化
3、多序列比對(duì),對(duì)齊編輯和分析
4、系統(tǒng)樹分析
5、DNA或蛋白質(zhì)序列的點(diǎn)陣比較
6、DNA序列組裝和編輯
7、BLAST通過網(wǎng)絡(luò)界面在Intranet/Internet Server上進(jìn)行搜索
8、序列和數(shù)據(jù)庫(kù)中的增強(qiáng)型圖案搜索
9、SiRNA選擇器
10、限制分析
11、繪制序列圖與出版品質(zhì)
12、限制模式預(yù)測(cè)
13、電子克隆
14、從限制片段重建限制圖
15、靜音突變分析創(chuàng)建/破壞限制性位點(diǎn)
16、導(dǎo)向不匹配以創(chuàng)建/破壞限制站點(diǎn)
17、翻譯和密碼子使用分析
18、蛋白質(zhì)疏水性/親水性分析
19、蛋白質(zhì)表征:等電點(diǎn)的序列組成和預(yù)測(cè)
20、蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
21、反向翻譯
22、PCR和測(cè)序引物的設(shè)計(jì)
23、表征DNA或引物序列的熱力學(xué)性質(zhì)
24、分歧分析
25、管理寡核苷酸,DNA和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)
26、生成隨機(jī)序列
dnaman使用教程
如何用DNAMAN軟件得到反向互補(bǔ)的DNA序列
1、打開在本站下載好的DNAMAN軟件,打開軟件后,點(diǎn)擊軟件頂部的點(diǎn)擊File,在彈出的選擇中選擇new
2、在新建好的對(duì)話框中輸入DNA序列
3、輸入完后,同時(shí)按住鍵盤上Ctrl和A,選中序列,并單擊軟件頂部“seq”圖中以為大家標(biāo)注出來。
4、然后點(diǎn)擊軟件頂部的Sequence選項(xiàng),在彈出的選項(xiàng)中點(diǎn)擊Display,在二級(jí)菜單中點(diǎn)擊Rev.Compl.Sequence
5、然后就可以得到原序列的反向互補(bǔ)序列。
功能介紹
1、數(shù)據(jù)庫(kù)管理
選擇數(shù)據(jù)庫(kù)|經(jīng)理命令打開數(shù)據(jù)庫(kù)管理器”對(duì)話框。
2、DNA和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)
該軟件的數(shù)據(jù)庫(kù)功能,允許用戶組織DNA和蛋白質(zhì)序列的不同科目。
3、編輯記錄信息
有關(guān)特定記錄的信息可以編輯,在序列列表框中,所有記錄按字母順序或記錄順序列出,每個(gè)記錄名字的數(shù)量顯示記錄的記錄號(hào)ID.用DNAMAN自動(dòng)分配。因此,您可以為不同的記錄使用相同的名稱。
4、掃描序列的相似性
它掃描所有的序列記錄在默認(rèn)的數(shù)據(jù)庫(kù)搜索當(dāng)前序列的同源序列。如果默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)包含DNA序列,則默認(rèn)序列必須是DNA序列,如果默認(rèn)數(shù)據(jù)庫(kù)包含蛋白質(zhì)序列,則默認(rèn)序列必須是蛋白質(zhì)序列。DNAMAN將使用快速對(duì)準(zhǔn)方法掃描數(shù)據(jù)庫(kù)的序列相似性,您可以選擇對(duì)結(jié)果的最終輸出使用快速對(duì)齊或最佳對(duì)齊方式。
5、錯(cuò)配分析
錯(cuò)配分析的目的是找到所有可能的退火位點(diǎn)的DNA序列的引物在默認(rèn),此功能可用于PCR和DNA測(cè)序的引物選擇,權(quán)重矩陣用來區(qū)分引物位置的重要性。由于引物在3’末端對(duì)目標(biāo)DNA的匹配比PCR擴(kuò)增的5末端更重要,所以更多的權(quán)重被賦予3’末端。為了提高PCR引物的特異性,應(yīng)始終檢查引物與靶DNA之間是否存在次級(jí)退火位點(diǎn)。
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